書き忘れてました。
Oかもとさんにも直接聞いたのですが、Tracのプロジェクトの削除は、
関連するフォルダの削除でいいそうです。
なんで、TracLightningの場合
%TRAC_HOME%\projects のそれぞれのフォルダの関係するフォルダを削除するだけ。
例：デフォにインストールしたTracLightningのSampleProjectの場合、以下のフォルダを削除。
C:\TracLight\projects\trac\SampleProject
C:\TracLight\projects\svn\SampleProject
